Le comité syndical du SIAB3A est composé d’élus désignés (un titulaire et un suppléant) par les EPCI-FP pour chacune des Communes initialement membres du SIAB3A. Il se réunit au moins une fois par trimestre. Le Comité Syndical est l’instance décisionnaire du SIAB3A. Lors de ces comités sont décidés et votés le budget, les orientations du fonctionnement du syndicat mais également les projets à venir.
Pour gérer le SIAB3A au quotidien un bureau a été constitué, composé du Président, M. Benoit MOREAU (Communauté de Communes Le Dunois) et de deux vice-présidents, Mme Yvonne KUCEJ (Agglomération de Bourges) et M. Guy MOREAU (Communauté de Communes Arnon-Boischaut-Cher).
Elle est composée d’une assistante administrative, d’une chargée de mission de rivière, et d’un technicien rivière.